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課程介紹Meeting calendar


第一部分

1 微生物組測序及實驗設計

2 微生物組數據標準和數據質量控制

3 微生物組數據管理

4 微生物組大數據分析平臺的使用介紹

第二部分

一. 微生物組學研究趨勢與方法

1 單菌不同水平(如DNA、RNA、蛋白等)的研究趨勢和方法

2 如何利用這些組學研究的內容

二. 序列組裝和功能分析---DNA水平

1 基于組裝好的序列進行組分(基因、功能元件、非編碼RNA等)和功能分析

2 微生物測序數據分析內容和方法

三. 微生物基因組

1 微生物基因組學的發展歷史和前沿科學問題

2 微生物群落和宏(元)基因組學

2.1 微生物群落的動態平衡

2.2 人體微生物群落特征

2.3 微生物群落和疾病

第三部分 高通量時代的宏基因組學研究

一. 生物信息學分析結果解析

1 測序結果評估,數據統計、OTU 聚類、稀釋性曲線(Rarefaction curve),指數分析(Alpha-diversity)、OTU 分類學分析(Taxonomy)

2 群落結構及豐度分析:Shannon index 曲線、Rank_abundance 曲線、樣本群落組成分析、樣品 OTU 分布 Venn 圖、Heatmap 圖

3 分類學和進行關系分析:系統發生進化樹、UniFraction PCoA、UnifracTree、NMDS、 RDA/CCA

二.生物信息學數據分析工具

1 序列質量控制(quality control): fastqc

2 序列組裝(Metagenomic assembly tool): MetaVelvet; Meta-IDBA; Genovo; Bambus 2

3 Short read alignment and mapping to reference genome: Bowtie; BWA; SOAP3; mrsFAST

4 多樣性分析(Microbial diversity analysis): MLST; Axiome; PHACGS

5 功能注釋(Functional annotation): RAMMCAP

6 基因注釋( Gene annotation/gene calling ) : FragGeneScan; MetaGeneMark; MetaGeneAnnotator

7 聚類(Binning): TETRA; MetaCluster; Phymm

8 一站式服務器(Automated platforms/servers for comparative and functional analysis): MG-RAST; MEGAN 4; CAMERA; GALAXY

三. 宏基因組勘探(Prospecting metagenomes):

1 Substrate induced gene expression (SIGEX)

2 Metabolite regulated expression (METREX)

3 Product induced gene expression (PIGEX)

四. 案例分析,大型宏基因組項目

1 Human microbiome

2 Earth Microbiome

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